Trong cuộc phỏng vấn dành cho BBC Việt ngữ ngày 27 tháng 3 năm 2008, sau khi xin nghỉ việc, ông bày tỏ lòng tự hào vì đã hoàn thành nhiệm vụ vì tự thấy sự đóng góp cho báo chí là đủ và đã đến là lúc cần dành nhiều thời gian hơn nữa cho gia đình và bản thân. Ông cũng bày tỏ quan điểm lựa chọn khi làm báo:[13]

Ông đã gặp phải một số sự cố khi làm nghề báo:

• Trong lúc xuất ngoại qua Bắc Mỹ vào năm 2005 để đưa tin về chuyến thăm của thủ tướng Việt Nam và ông đã bị những người biểu tình quây "đánh" ngay trước cửa Nhà Trắng bằng cán cờ và khi ông bỏ chạy, họ đã đá vào túi đồ nghề nhà báo của ông.[14]
• Nhận xét về những người biểu tình chống đối Chính phủ Việt Nam, ông nói: "Tôi thì tôi thực sự nhìn thấy những người đó thấy cũng thương thương họ bởi vì họ cũng nhếch nhác, không phải là những người thể hiện một cái gì đó đẳng cấp hay trình độ hoặc là một cái năng lực nào đó. Tôi nhìn thấy họ nói năng rồi là họ gào thét rồi là ăn mặc rồi là cách hành xử thì tôi thấy tôi cảm giác đó là những người có vẻ là những người thuộc tầng lớp thấp của xã hội hay sao ấy. Tôi cảm giác như vậy. Tôi thực sự thấy thương họ nhiều hơn."[14]
• Nguyễn Anh Tuấn cũng chịu trách nhiệm liên đới, trong vụ việc VietNamNet cho đăng bài báo "Sức mạnh đồng thuận Việt Nam: Nhìn từ Hoàng Sa -Trường Sa" (được đăng lên hôm 10/12/2007)[15], nhắc đến các cuộc biểu tình phản đối Trung Quốc tại Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh ngày 9 tháng 12 năm 2007, ngay từ lúc đó BBC đã đưa tin là có tin đồn ông có thể sẽ bị bãi chức tổng biên tập;[15] Khi ông đi công tác ở Mỹ thì ở nhà báo đăng bài gây sóng gió làm ông liên đới chịu trách nhiệm.[15]